Богослужения: по воскресным дням (по особому расписанию, согласованному с администрацией Музея «Исаакиевский собор» и утвержденному Высокопреосвященнейшим митрополитом Владимиром). Литургия: 10.00 или 11.00. Всенощное бдение накануне: 16.00 или 17.00. Кроме того, в храме совершаются: Рождественская вечерня 8 января (17.00); Пасхальная вечерня в понедельник Светлой седмицы (17.00); в престольный праздник прп. Исаакия Далматского – Всенощное бдение (11 июня) и Литургия (12 июня); Литургия в день основания Санкт-Петербурга (27 мая). На двух колоннах западного портика собора в мемориальных целях были оставлены следы от попадания осколков вражеского снаряда. Текст на памятной доске: "Это следы одного из 148478 снарядов, выпущенных фашистами по Ленинграду в 1941-1944 г.г."